Le menu Extras

Animer...

Certains formats de fichiers supportent plusieurs trames. Un fichier contenant plus d'une trame est considéré comme une animation. Cet élément de menu affiche la boîte de dialogue d'animation qui vous permet de contrôler l'animation.

Faire vibrer...

Si le modèle moléculaire contient des informations de de fréquence, les modes vibratoires peuvent être animés et contrôlés avec la boîte de dialogue Faire vibrer.

Il faut noter que Affichage->Vecteurs doit être coché pour que les vecteurs vibratoires soient dessinés.

De bons exemples sont samples/phenylnitrene.g92.out et samples/ammonia.adf.out

Diagramme...

Ceci ouvre une fenêtre dans laquelle un tracé énergie par rapport à la trame est visualisé. Cette option ne fonctionne actuellement qu'avec une animation CML avec les énergies définies pour chaque trame.

Un exmple est fourni: conformeren.cml.

Propriétés du Cristal...

Ouvre la boîte de dialogue de propriétés du cristal.

L'onglet Vecteurs Primaires.

Les trois vecteurs primaires du cristal peuvent être définis de deux facons différents: en utilisant une représentation soit "cartésienne" soit "cristallographique". Le choix de la représentation est seulement une question de convenance et il est toujours possible de passer d'une représentation à l'autre en utilisant la liste déroulante "Représentation". Toutefois, la représentation cartésienne permet d'orienter librement le cristal dans l'espace tandis que la représentation cristallographique impose que le côté "a" soit parallèle à l'axe x et que le côté "b" soit dans le plan xy.

Représentation Cartésienne.

Il y a trois lignes contenant chacune deux champs. Chaque ligne correspond à un vecteur primaire. Le premier champ contient les composants x, y et z du vecteur séparés par des virgules. Le deuxième champ est un facteur multiplicatif pour le premier champ et est simplement une question de convenance. L'unité du vecteur résultant est l'Anstrom. Quand les valeurs sont établies, cliquer sur le bouton Appliquer mettra à jour les données dans la représentation cristallographique et l'onglet Affichage.

Représentation Cristallographique

Les champs a, b et c contiennent les trois longeurs des bords (en Angstroms) du cristal. Dès que l'on clique sur le bouton Appliquer, le côté a sera rendu parallèle à x and le côté dans le plan (x,y). Les champs alpha, beta et gamma contiennent les angles (en degrés) entre les bords a et b, b et c, et b et a, respectivement.

Il faut noter que les positions atomiques sont supposées être en coordonnées réduites des vecteurs primaires. Ainsi, par exemple, quand les vecteurs primaires sont redimensionnés, les atomes restent dans la même position relative. Toutefois, quand un fichier ne contenant aucune information de cristal (et donc pas vecteur primaire) est chargé dans Jmol, les coordonnées réduites n'existent pas encore. Dans ce cas la boîte de dialogue Cristal est uniquement disponible par l'élément Créer Cristal dans le menu Edition. Les vecteurs primaires doivent être saisis de facon à correspondre à la position atomique définie dans le fichier d'entrée.

Par exemple, le fichier bulk_Si.xyz dans le répertoire sampls contient les positions atomiques du silicone cristallin, i.e. un atome en (0, 0, 0) et un autre en (1.347, 1.347, 1.347). Un groupe correct de vecteurs primaires est (0.0 0.5 0.5), (0.5 0.0 0.5) et (0.5 0.5 0.0) avec un facteur de multiplication de 5.387. Dans ce cas, la représentation cristallographique ne peut pas être utilisée pour créer le cristal car un groupe de 3 vecteurs primaires dont un est parallèle à x ne peut aboutir au cristal de silicone avec les positions atomiques spécifiques données.

L'Onglet Boîte Cristalline.

C'est l'endroit où définir le champ de visualisation du cristal. Trois sous-onglets sont présents: la Boîte Atome, la Boîte Lien et la Boîte Cellule Unitaire. Dans chaque sous-onglet, deux champs sont présents: les coordonnées minimum et maximum en vecteur de vecteurs unitaires. Ils définissent un parallèlépipède où la visualisation prend place.

Par exemple, minimum = (0,0,0) et maximum = (1,1,2) entraînent 2 cellules unitaires alignées dans la direction du troisième vecteur primaire. Des valeurs non entières sont aussi acceptées.

Il est possible de définir un champ de visualisation pour trois aspects différents, les atomes, les liens et la cellule unitaire:

La Boîte Atome

Seuls les atomes du cristal dans la Boîte Atome seront affichés. Si un atome est exactement sur une face, une arête ou un coin de la cellule unitaire, il sera affiché respectivement 2, 4 ou 8 fois dans la cellule unitaire, un pour chaque face, arête, coin équivalent. Ceci est du à une limitation de Jmol qui ne peut pas afficher un atome partiel. Le résultat est que le nombre total d'atomes peut être plus grand que celui attendu (d'un point de vue cristallographique). Un autre effet pervers peut être vu dans le fichier exemple slab_7Si_3Vac_2x_relax_2x1.out. Si vous créer une animation avec de l'interpolation d'images, l'interpolation aboutit à des trames erronées à cause du nombre différent d'atomes entre deux trames successives.

Si la case à cocher "Atomes origineux seulement" est cochée, seuls les atomes originaux, i.e. les atomes tels que spécifiés dans le fichier d'entrée, seront affiché.

La Boîte Lien

Un lien entre deux atomes sera dessiné si ceux-ci sont dans la Boîte Lien. Bien sûr, si la distance est plus importante que le bond fudge, aucun lien ne sera dessiné.

La Boîte Cellule Unitaire

Les trames de cellule unitaire entièrement dans la zone spécifiée. Des valeurs non entières peuvent être spécifiées mais sont inutiles.

L'Onglet Vecteurs de Base.

Dans cet onglet, vous trouverez la position atomique et le type des atomes de base en coordonées soit cartésiennes (angstrom) soit treiilis (=réduit) en fonction de ce qui est sélectionné dans la liste déroulante.

L'Onglet de Tracé de Bande.

Cet onglet vous permet de générer des tracés de bandes utilisés pour représenter la structure électronique de bande ou la courbe de dispersion de phonon des cristaux. Pour le moment, les données peuvent uniquement être chargées depuis des fichiers de sortie ABINIT et seules les bandes électroniques sont supportées. Un example, Si_eband.out, peuvent être trouvé dans le répertoire samples. Ce fichier contient deux groupes de données. Seule le groupe de données 2 contient des informations pour un tracé de bande.

Un tracé de bande ou diagramme de bande, représente l'énergie électronique (la fréquence de phonon) d'un état (mode) par rapport à son vecteur d'ondulations le long de lignes particulières. Chaque ligne de la table en haut de l'onglet représente une telle ligne particulière. Le premier champ est un index qui est utilisé pour référencer cette ligne (on parlera d'"index de ligne" ci-dessous). Le deuxième ("Origine") et quatrième ("Fin") champs sont les positions du premier et du dernier point de la ligne donnée en coordonnées réduites des vecteurs primaires réciproques. Le troisième ("Texte Origine") et le cinquième ("Texte Fin") champs sont les libellés du premier point et du dernier point respectivement. Ces deux champs sont éditables. Typiquement, ils sont constitués d'une seule lettre ("X" par exemple). Les lettres greques sont aussi supportées en mettant "\S" devant la lettre (par exemple "\S G" donne la lettre greque Gamma). Une description complète de la syntaxe est donnée ci-dessous dans la section intitulée “Mise en forme du texte”. Le dernier champ est le nombre total de points n dans cette ligne. Le premier point a l'index 0 et le dernier point a l'index n-1. Sous cette table, il y a un certain nombre de champs utilisés pour adapter l'aspect du tracé:

  • Résolution: la résolution horizontale du tracé en pixels.

  • Ratio: le ratio y/x du tracé.

  • Taille de police 1: taille de police des valeurs des abscisses.

  • Taille de police 2: taille de police des valeurs des ordonnées.

  • Taille de police 3: taille de police des valeurs des ordonnées.

  • Unités d'énergie: les unités de l'axe des ordonnées. Comme vous l'avez peut-être noté, les dimensions sont soit une énergier soit une longueur d'onde inversée (correspondant à la longueur d'onde qui aurait une lumiére de cette énergie).

  • Energie Minimum: l'énergie minimum de l'axe des ordonnées.

  • Energie Maximum: l'énergie maximum de l'axe des ordonnées.

  • Niveau de Fermi: une ligne horizontale sera tracé à cette position.

  • La liste déroulante Chiffres Fraction Fix/Exp: Indique le format numérique des valeurs des ordonnées - fixe ou exponentiel. Le nombre à droite de la liste déroulante est le nombre de chiffres après la virgule.

  • Graduations Verticales: le nombre de graduations sur l'axe des ordonnées.

  • Graduations Horizontales: le nombre de graduations sur l'axe des abscisses.

  • Taille du Séparateur: la taille de la séparation entre deux sous-tracés (voir ci-dessous ";").

  • Le Libellé Y: Le libellé de l'axe des ordonnées.

  • Définir Tracé: définit la structure du tracé.

    La structure est esentiellement définie par une chaîne de caractères qui est une liste séparée par des virgules de numéros de ligne dans la table en haut de l'onglet. Par exemple "0,1,2" avec le fichier exemple Si_eband.out/dataset2 dessinera un tracé de bande continu le long du chemin (0.5, 0.0, 0.0) - (0.0, 0.0, 0.0) - (0.0, 0.5, 0.5) - (1.0, 1.0, 1.0) ou X - G - M - G.

    Une virgule dans la liste peut être remplacée par un";". Dans ce cas, le tracé n'est plus continu mais une séparation est dessiné (voir "Taille du Séparateur" ci-dessus). Par exemple "0,1;2" dessinera le diagramme de bande le long du chemin X - G | M - G avec une séparation entre le premier G et M.

    Une ligne partielle peut aussi être dessinée en précisant l'étendu entre crochets. Par exemple "0,1[0-7];2" ne dessinera la ligne 1 qu'entre les points 0 et 7. L'utilisateur doit connaître la position des points tels que définis dans le fichier d'entrée. Il faut noter que l'étendue maximum est [0, Nombre de Points - 1] et est la valeur par défaut.

    Une ligne peut aussi être dessinée dans la direction opposée. Pour ceci, un signe moins doit être mis devant le numéro de ligne. Par exemple "0,1;-2" dessinera un diagramme de band le long du chemin X - G | G - M.

Mise en forme du texte

Une mise en forme de texte très basique permet de combiner des caractères grecs et latins. Les caractères grecs sont obtenus en préfixant le texte avec \S, les caractères latins par \N. Si rien n'est précisé, les caractères latins sont utilisés. Les caractères superscript sont obtenus avec un ^. Tous les caractères suivant ce symbole sont formatés en superscript. Pour revenir au mode normal utiliser _. Plusieurs combinaison de ^ et _ sont possibles.

Par exemple : \S l \N \ ( \S m \N m^-1_ ).