Le menu Affichage

Dans ce menu les réglages/styles d'affichage peuvent être modifiés.

En général, les styles d'affichage sont appliqués au groupe d'atomes et de liens actuellement sélectionnés.

Par défaut, tous les atomes et les liens dans une molécule sont sélectionnés.

Vous pouvez sélectionner des atomes/liens individuels en utilisant le curseur de sélection ou en utilisant des commandes de script.

Style d'Atome

Dessin Rapide

Dessine des atomes sous la forme de cercles pleins.

Ombré

Dessine des atomes sous la forme de sphères ombrées.

Fil de Fer

Dessine des atomes sous la forme de contours de cercles.

Invisible

Les atomes ne sont pas dessinés, mais sont supposés avoir le même rayon que ce qu'ils occupent. Ainsi les liens sont dessinés à la circonférence externe de l'endroit où serait l'atome. Rapprocher de *Aucun*

Cette option peut être utile quand elle est utilisée en conjonction avec les étiquettes d'atomes pour afficher le type d'atome.

Aucun

Les atomes ne sont pas dessiné et sont supposés avoir un rayon de zéro. Les liens sont dessinés jusqu'au centre des atomes.

Cette option peut être très utile quand elle est utilisée en conjonction avec les étiquettes d'atomes pour afficher le type d'atome.

Style de Lien

Dessin Rapide

Dessine les liens sous la forme de rectangles pleins.

Ombré

Dessine les liens sous la forme de cylindres ombrés.

Fil de Fer

Dessine les liens sous la forme de lignes.

Boîtes

Dessine les liens sous la forme de contours de rectangles. (plus supporté)

Aucun

Les liens ne sont pas dessinés.

Texte

Aucune

Aucune étiquette d'atome n'est affichée.

Symboles Atomiques

Les atomes sont étiquettés avec leur symbole atomique.

Types d'Atomes

Les atomes sont étiquettés avec leur type d'atome. (Quelle est la différence entre Type d'Atome et Symbole Atomique?)

Numéros d'Atomes

Les atomes sont étiquettés avec leur numéro d'index.

Coloration d'Atomes

Type d'Atome

Les atomes sont coloriés en fonction de leur type. Les couleurs par défaut sont générallement les couleurs CPK

Charge Atomique

Les atomes sont coloriés en fonction de leur charge atomique. (Besoin d'un peu plus d'explications ici!)

Rotation Fil de Fer

Cette option peut être cochée si les perfomances ne sont pas acceptables en manipulant de grosses molécules. Quand cette option est cochée; le rendu fil de fer est utilisé pour afficher les atomes et les liens pendant les opérations de rotation, translation et zoom. La molécule est dessiné en fonction des réglages courants quand la souris est relâchée.

Profondeur de la Perspective

Cette option contrôle le rendu avec la profondeur de la perspective. Quand cette option est décochée, les molécules sont dessinées selon une projection plane orthogonale sur l'écran. Quand cette option est cochée, les tailles et les distances sont ajustées pour une perspective de type caméra.

Pour un bon exemple de ceci, jetez un coup d'oeil à certaines des structures cristallines, telles que samples/CdSe_nanocrystal.xyz ou samples/HfO2_on_Si_relax.in

Alternativement, vous pouvez activer la boîte englobante pour voir les effets de ce réglage (voir ci-dessous).

Axes

Affiche les axes cartésiens avec l'origine au centre de la boîte englobante définie par les coordonnées extrêmes de la molécule.

Il faut noter que l'axe Y positif est en haut, contrairement à RasMol.

Boîte englobante

Affiche la boîte englobante, définie par les coordonnées extrêmes des centres des atomes dans chacune des trois dimensions.

Hydrogènes

Active/Désactive l'affichage des atomes d'hydrogène.

Vecteurs

Contrôle l'affichage des vecteurs vibratoires sous la forme de moment dipolaire.

Mesures

Contrôle l'affichage des mesures de distance, angle et torsion dihédral.